کاربردSYBR GREEN در بررسی­ مولکولی

پيام بهزادي1، الهام بهزادي2

•1)     عضو هيات علمی گروه ميکروب­شناسی دانشگاه آزاد اسلامی، واحد شهرقدس

•2)     گروه ميکروب­شناسی دانشگاه آزاد اسلامی، واحد شهرقدس

مقدمه

SYBR GREEN از جمله رنگ­های درخشانی است که با مولکول­های دو رشته­ای DNA، پيوند بسيار
اختصاصی برقرار می­نمايد. اين گروه از رنگ­ها کاربرد زيادی داشته و در بررسی­های مولکولی جهت تعيين ميزان
مولکول­های دو رشته­ای DNA در Real-Time PCR و مشاهده­ی مولکول­های دو رشته­ای DNA در ژل الکتروفورز
(ژل آگارز و ژل پلی­آکريل آميد) مورد استفاده قرار می­گيرد. رنگ­های مصنوعی SYBR GREEN نخستين بار از اوايل دهه­ی 1990 ميلادی (برابر با دهه­ی 1360 خورشيدی) توليد و روانه­ی بازار شد. به­طورکلی، SYBR GREEN يک رنگ نامتقارن سيانينی است و سيانين­ها خانواده­ای از رنگ­های آلی مصنوعی هستند که در عکاسی، ساخت CD و DVD و پژوهش­های مولکولی مورد استفاده قرار می­گيرند.

به­تدريج، SYBR GREEN I جايگزين رنگ درخشان Ethidium Bromide خواهد شد؛ زيرا ميزان جهش­زايي آن بسيار کمتر بوده و در عين حال دفع ترکيبات آغشته به آن فاقد مشکلات مربوط به رنگ Ethidium Bromide است؛ اما بايستی توجه داشت، هر ماده­ای که قابليت پيوند شدن با مولکول DNA را داشته باشد به­عنوان يک ترکيب سرطان­زا تلقی می­گردد.     

ويژگی­ها

گروه رنگ­های SYBR GREEN در گستره­ی دمايي وسيعی پايدار بوده و به همين دليل می­توان از آن برای نشان دادن واکنش­های بيوشيميايي مختلف در دماهای بالا و پايين استفاده کرد. به­علاوه، رنگ­های مزبور با سطح مولکول DNA پيوند غيرکووالانسی برقرار می­نمايند؛ از اين­رو، SYBR GREEN در فعاليت­های بسياری از آنزيم­های نوکلئاز و DNA­پلی­مراز هيچ­گونه تداخلی را اعمال نمی­کند.

از ويژگی­های استثنايي SYBER GREEN توانايي پيوند آن با ميزان بالايي از مولکول­های DNA می­باشد؛ به­همين دليل است که استفاده از چنين رنگی می­تواند در تعيين ميزان دقيق DNA در Real-Time PCR کمک زيادی نمايد.

همچنين، از آنجايي­که رنگ­های SYBR GREEN 25 بار حساس­تر از رنگ Ethidium Bromide می­باشند، بنابراين اگر ميزان نمونه­ی مورد بررسی اندک هم باشد به­خوبی قابل مشاهده است؛ که اين خود يکی از امتيازات ويژه­ی اين گروه از رنگ­ها می­باشد .

رنگ SYBR GREEN I، علاوه بر اين­که قابليت پيوند با مولکول­های دو رشته­ای DNA را داراست، می­تواند به مولکول­های RNA نيز متصل شود اما ميزان درخشش رنگ، کمتر خواهد بود. اين ويژگی برای مطالعاتی که هدفشان مشاهده­ی پديده­ی آپوپتوزيز می­باشد بسيار منحصر به­فرد می­باشد، زيرا مولکول­های RNA کم­رنگ بوده و مولکول­های دو رشته­ای DNA که دچار آپوپتوزيز شده­اند کاملا پر رنگ خواهند بود.

در بررسی­های به عمل آمده مشخص شده است که ميزان درخشش کمپلکس DNA-SYBR GREEN I 5 بار بيشتر از کمپلکس DNA-Ethidium Bromide می­باشد.

برای پر رنگ شدن مولکول­های RNA بايستی از رنگ SYBR GREEN II استفاده نمود.

مزايای استفاده از SYBR GREEN:

•1-    رنگ حاصل از درخشش SYBR GREEN سبز بوده که معمولا برای محصولات بدست آمده از PCR کاربرد فراوان دارد. دامنه­ی رنگی SYBR GREEN از زرد به سبز پر رنگ درخشان است که اين ويژگی برای بررسی ميزان محصولات PCR بسيار اهميت دارد.

•2-    رنگ SYBER GREEN زمينه­ی ژل آگارز و يا پلی­آکريل آميد را به مانند Ethidium Bromide، رنگی
نمی­کند که از ويژگی­های مهم SYBR GREEN می­باشد. زيرا اگر اندکی غلظت رنگ زمينه­ی ژل (اين مطلب در مورد رنگ Ethidium Bromide صادق است) افزايش يابد ديگر باندهای ايجاد شده توسط مولکول­های دو رشته­ای DNA به خوبی قابل مشاهده نيستند.

•3-    از رنگ SYBR GREEN می­توان برای رنگ­آميزی مجدد ژل رنگ شده با Ethidium Bromide استفاده نمود، زيرا باعث رويت بهتر باندها می­شود و اين مسئله بسيار مطلوب است.

•4-    در هنگام مشاهده­ی ژل­های رنگ شده با SYBR GREEN به کمک UV transilluminator، اگر ميزان مولکول­های DNA تک رشته­ای در ژل زياد باشد، رنگ مربوطه بيشتر به سمت نارنجی درخشان تمايل دارد تا سبز.

•5-    چنانچه، پيوسته از Ethidium Bromide برای رنگ نمودن ژل استفاده شود و ظرف مربوطه به خوبی شسته و يا تميز نگردد، استفاده­ی دوباره از رنگ SYBR GREEN در همان ظرف، سبب ايجاد باندهای نارنجی درخشان
مي­شود و نه رنگ سبز.

•6-    می­توان بيش از 99% از رنگ SYBR GREEN I که به مولکول­های دو رشته­ای DNA متصل شده­اند را با کمک اتانول جدا نمود.

با توجه به مطالب بيان شده، به نظر می­رسد که در آينده­ای نه­چندان دور، رنگ­های خانواده­ی SYBR GREEN کاملا، جايگزين رنگ Ethidium Bromide می­گردد. در واقع، مانعی که تاکنون بر سر راه استفاده­ی همه جانبه از رنگ
SYBR GREEN بوده، هزينه­ی بالای اين رنگ می­باشد. نويسندگان مقاله­ی حاضر نيز با توجه به تجربه­ای که از هر دو رنگ داشته­اند، استفاده از SYBR GREEN را بجای Ethidium Bromide توصيه می­نمايند.

منابع

•1)    SYBR® Green I Nucleic Acid Gel Stain, Molecular Probes, Inc., http://probes.invitrogen.com/media/pis/mp07567.pdf, 2006.

•2)    SYBR GREEN I Nucleic Acid Gel Stain, www.roche-applied-science.com/, 2005.

•3)    SYBR Nucleic Acid Gel Stains, http://www.invitrogen.com/, 2003.

•4)    Updegraff E., What is SYBR Green®?, http://www.wisegeek.com/what-is-sybr-green.htm, 2003-2010.

•5)    SYBR Green I, http://en.wikipedia.org/wiki/SYBR_Green_I, 07.22.2010.


1393/02/20 12:00:00 ق.ظ
فایلهای مربوط به مقاله
نماپ
سماپ
مقالات
تماس با ما
طراحی و توسعه توسط گروه متخصصین ماورانت
www.Mavaranet.com